相傳妙義寺為室町時代的益田氏第13代當主益田兼家所創建的曹洞宗寺院，作為益田的重要宗教核心之一，受到信徒虔誠信仰。1581年由第19代益田藤兼與第20代益田元祥這對父子重建，並將其定位為此地區的曹洞宗核心寺院。
境內的櫻谷還保留著宏偉壯觀的五輪塔，相傳這座塔是藤兼與兼家的墳墓。 此外，從流傳到寺廟的佛像與古文書中，還可實際感受到歷史。
遊客可以參加在主殿舉辦的坐禪體驗與演奏會等多樣化的文化活動，或在境內與庭園欣賞四季分明的各種花卉。 穿過妙義寺前的石橋向北延伸的參拜道成為中世城下的主軸線。
